毛泽东思想与十一届三中全会以来党在指导思想上的理论创新成果——中国特色社会主义理论体系，有着不可分割的历史与逻辑的密切联系。毛泽东思想在新中国成立后的继续和发展，是十一届三中全会以来党在指导思想上不断进行理论创新的思想动力和智慧源泉。
中国特色社会主义理论体系是在毛泽东思想的根基上，由实事求是精神和改革开放精神悉心培育出来的智慧结晶以邓小平为核心的党的第二代中央领导集体，开辟中国特色社会主义道路，创立中国特色社会主义理论，实现马克思主义中国化的第二次历史性飞跃，是从准确完整地理解毛泽东思想开始的，是从系统阐释毛泽东思想科学体系开始的。在新的历史时期，邓小平恢复和发展毛泽东所确立的实事求是的思想路线，强调解放思想、实事求是，使之成为发展中国特色社会主义的一大法宝；重申毛泽东关于走自己的建设道路、不要照搬照抄外国经验的思想，提出“建设有中国特色的社会主义”的科学命题；既坚持毛泽东关于社会主义的第一阶段是“不发达的社会主义”的正确论断，又记取超越发展阶段的严重教训，作出了我国还处在社会主义初级阶段的科学论断；继承和发展毛泽东关于社会主义社会基本矛盾的思想，从我国社会主义体制的实际状况出发，提出改革是党带领人民进行的新的伟大革命，目的是要解放和发展社会生产力，推动社会主义制度的自我完善和发展；既继承毛泽东探索中国社会主义建设道路的积极思想成果，又记取毛泽东的晚年失误，形成了“一个中心、两个基本点”的基本路线，制定了建设中国特色社会主义的一系列方针政策，提出了社会主义物质文明和精神文明要两手抓、两手都要硬，要大力加强社会主义民主与法制建设等重要思想；继承和发展毛泽东等关于争取和平统一祖国的设想，形成“一个国家、两种制度”的创造性构想；继承和发展毛泽东关于“中间地带”和“三个世界划分”的国际战略理论，根据时代的新变化，得出和平与发展是当代世界的两大主题的科学判断。以上这些，既坚持毛泽东思想中最本质的内容，又根据新的时代特征和新的实践将毛泽东思想发展到新的阶段——中国特色社会主义理论体系创立和发展的阶段。这种在恢复、坚持中发展，在发展中恢复、坚持的辩证关系，使中国特色社会主义理论同毛泽东思想构成了既一脉相承又与时俱进的内在联系，奠定了邓小平理论在中国特色社会主义理论体系中的基础性地位，并为中国特色社会主义理论体系在毛泽东思想基础上的发展开辟了正确道路。
以江泽民为核心的党的第三代中央领导集体，创立“三个代表”重要思想，以马克思主义中国化的创新成果丰富和发展中国特色社会主义理论体系，同样从毛泽东思想那里吸取了智慧和养料。毛泽东运用马克思主义关于社会生产力是推动人类社会前进的最基础、最活跃、最革命的因素等基本原理，提出了判断政党作用性质的标准，指出：“中国一切政党的政策及其实践在中国人民中所表现的作用的好坏、大小，归根到底，看它对于中国人民的生产力的发展是否有帮助及其帮助之大小，看它是束缚生产力的，还是解放生产力的。”“三个代表”重要思想中关于中国共产党必须始终代表中国先进生产力的发展要求的论述，是对上述论断的创造性运用和发展。毛泽东运用马克思主义关于物质生活和精神生活、社会存在和社会意识的辩证关系的原理，深入阐述了以马克思主义为指导的文化建设的基本规律，提出文艺要为最广大的人民大众特别是工农兵服务，科学文化要实行“百花齐放、百家争鸣”的方针，要建设民族的、科学的、大众的文化。“三个代表”重要思想中关于中国共产党必须始终代表中国先进文化的前进方向的论述，是对上述论断的创造性运用和发展。毛泽东运用马克思主义关于人民群众是推动历史前进的动力的基本原理，深入阐述了中国共产党的性质和宗旨，深入阐述了中国共产党在领导革命和建设中加强自身建设的基本规律，亲手培育了密切联系群众的优良传统作风，指出：“共产党的路线，就是人民的路线。”“三个代表”重要思想中关于中国共产党必须始终代表中国最广大人民的根本利益的论述，是对上述论断的创造性运用和发展。不仅如此，“三个代表”重要思想还从总体上把马克思列宁主义、毛泽东思想中的有关论断融会贯通，把紧密联系的三个方面上升到党的指导思想的高度，构成一个完整的体系，既坚持马克思主义基本原理，又深刻总结党的全部历史以及实践中创造的新鲜经验，成为坚持和发展马克思列宁主义、毛泽东思想的典范。
党的十六大以来，以胡锦涛为总书记的中共中央提出科学发展观等重大战略思想，继续把马克思主义中国化第二次历史性飞跃推向前进。科学发展观继承和发展了毛泽东关于现代化建设“又要重工业，又要人民”以及经济建设的目的是要提高人民生活水平的思想，将以人为本作为科学发展观的核心，做到发展为了人民、发展依靠人民、发展成果由人民共享。科学发展观继承和发展了毛泽东关于“综合平衡”和从全局出发妥善处理各种比例关系的思想，把全面协调可持续作为科学发展的基本要求，按照中国特色社会主义事业总体布局，全面推进经济建设、政治建设、文化建设、社会建设，促进现代化建设各个环节、各个方面相协调，促进生产关系与生产力、上层建筑与经济基础相协调。科学发展观继承和发展了毛泽东关于“统筹兼顾”和“调动一切积极因素”的思想，把统筹兼顾作为科学发展的根本方法，正确认识和妥善处理中国特色社会主义事业中的重大关系，统筹城乡发展、区域发展、经济社会发展、人与自然和谐发展、国内发展和对外开放，统筹中央和地方关系，统筹个人利益和集体利益、局部利益和整体利益、当前利益和长远利益，充分调动各方面积极性。正如中共十七大报告所说：“科学发展观，是对党的三代中央领导集体关于发展的重要思想的继承和发展，是马克思主义关于发展的世界观和方法论的集中体现，是同马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和‘三个代表’重要思想既一脉相承又与时俱进的科学理论。”
