1927年3月中旬，恽代英在中共湖北省委的机关刊物《群众》周刊上发表的《民主主义与封建势力之斗争》。文章中指出:“国民革命之目的，在打倒帝国主义军阀，解放全中国被压迫民众。”要担负这个历史使命，就“必须有完全能站在民主主义的立脚点上面以扫除封建社会残余势力自任的革命党。”改组前的国民党之所以不能担负这个历史使命，主要的原因就是“始终未能摇动封建社会的基础。”改组后的国民党之所以对中国革命运动有重大意义“便是国民党已经接受了近代科学的洗礼，渐次脱离了封建的色彩。”而改组后国民党内引起的种种纠纷，从冯自由的叛变，杨希闵、刘震寰的商团变乱，西山会议派，三·二○事件，直到现在的争党权，也无不是封建主义的作怪。因此，恽代英在文章中强调，与国民党右派作斗争，首先要将反对封建主义作为重大任务。他明确指出，以蒋介石为代表的右派势力，不过“是代表封建势力的最后挣扎罢了”，号召国民党中央应该领导民众，“将封建社会残余的势力与这些昏庸腐朽分子一齐扫除干净”。

　　3月19日，恽代英在河北省妇女代表大会上讲演时，特别强调了提高党权的斗争，“并非少数领袖意气之事，实为使党免去辛亥革命之运动的一种生死关头”所必须。要将革命取得胜利，必须“统一农工运动”，搞好国共两党合作关系，把“国民党改造成代表穷苦农工的党”。同日，他在国民革命军总政治部农民运动讨论委员会在汉口普海春(今扬子江饭店)举行的出席湖北全省第一次农民代表大会的全体代表的宴会上，发表了长篇讲话。盛赞“中国的革命是世界革命的一部分，农工是革命的主要力量”，号召代表们“回到乡下去，组织起来解放自己”。

　　为了削弱蒋介石的权力，3月27日，国民党中央根据国民党二届三中全会决议，取消武汉分校的校长制，正式委任恽代英和谭延、徐谦、邓演达、顾孟余为委员。不久决定将中央军事政治学校武汉分校改为中央军事政治学校(以下简称武汉军校)，委任恽代英和谭延、邓演达为常委，实由恽代英负责。恽代英进一步将隐藏在校内的孙文主义学会、民社、壮年团等反动分子清洗出校。

　　4月2日，在武汉的国民党中央执行委员会举行第五次扩大会议，共产党人和国民党左派严厉谴责蒋介石镇压破坏各地工农运动的罪行，并认为蒋介石已“形成一个反动中心”，主张中央训令蒋“离开上海”。当时国民政府外交部派到上海去了解情况的郭泰祺，也投入蒋介石的怀抱，擅自接受蒋的委任，被非法任上海外交交涉员，破坏二届三中全会统一外交决议案。会上许多人要求武汉政府发布通知，罢免郭泰祺的上海交涉员。恽代英完全同意罢免郭，但针对孙科提出的要蒋介石在上海拿办郭的发言说:“郭泰祺是蒋介石委任的，如叫蒋拿办郭是一定没有效果的。”最后会议通过决定将郭开除党籍，明令拿办，严电申斥蒋介石违反中央决议。

　　5月25日，恽代英在国民党中央执行委员会政治委员会第20次会议中讲到军校整顿的情况。他说:“本校自改为委员制以后，大见整顿……以前蒋介石当校长的时候，黄埔学生形成一个特殊的阶级。现在改成了委员制，虽然没有完全铲除这种风气，但也纠正了不少。”这次整顿，提高了武汉军校的政治素质，壮大了革命力量，使军校成为讨蒋的英勇先锋。

　　蒋介石发动“四·一二”反革命政变后，武汉三镇顿时掀起了反蒋斗争的高潮。恽代英领导武汉军校参加了这场轰轰烈烈的群众性反蒋斗争。4月20日，武汉军校组织了讨蒋大会筹备会，在《武汉同志同胞公鉴》中，愤怒谴责蒋介石为“党贼”，“视党国为可欺，视民众为可侮，视同人等更为己之工具。今者，结群小以踞东南，仇敌而抗中央”，号召革命同志对蒋不容“丝毫之姑息”，“与贼作百倍之奋斗”!22日，《汉口民国日报》发表了宋庆龄、邓演达、吴玉章、林伯渠、恽代英、毛泽东等40名国民党中央执行委员、候补委员、国民政府委员、军事委员会委员的联名讨蒋通电，愤怒痛斥蒋介石的罪恶阴谋，指出如不去此“民众之蟊贼”，“革命政府将无噍类”。次日，武汉军校各期学生和革命群众30万余人，在阅马场举行了声势浩大的讨蒋大会，会上群情愤激，“打倒蒋介石!”的愤怒吼声如海涛卷起，冲向高空。大会通过了《讨蒋通电》、《武汉军校告各期全体同学书》。军校政治部的《革命生活》日刊还出版了《讨蒋特刊》，发表了《讨蒋通电》、《讨蒋宣传大纲》等，号召革命学生成为“讨蒋前驱”。在一片反蒋声中，恽代英以武汉军校的名义向武汉国民政府提出组织2500名“志愿兵团”的计划，计划中特别提出要防止反动分子“混在里面”。

　　蒋介石叛变后，新旧军阀沆瀣一气，四面八方从军事、经济上包围封锁武汉，使武汉形势日趋恶化。潜伏在武汉政府内的危机日益表面化。为了挽救革命，将革命推向前进，在汉中共中央多数委员和中共湖北省委举行会议，决定向共产国际代表和中共中央提出紧急倡议，采取断然措施，武装工农，保卫武汉政权，并推举恽代英和罗章龙、许白昊、林育南为代表去见罗迈、鲍罗廷和陈独秀，但此案遭到拒绝。4月27日至5月9日，中国共产党第五次全国代表大会在武汉召开。恽代英出席了大会，当选为中央委员。大会在瞿秋白、蔡和森、毛泽东、恽代英等同志的努力下，提出了一些正确的意见，促使陈独秀作了检讨，但对如何争夺领导权，大会却没有提出任何切实可行的办法。大会最后还是选举了陈独秀继续担任总书记，因而未能制止和克服陈独秀的右倾投降主义错误。

　　“五大”期间，共产国际举行了第八次执委会，专门讨论中国革命问题，作出中国问题决议案，即著名的共产国际的五月指示。共产国际指示中国共产党立即组织十万工农武装，实行土地革命，以对抗国民党右派的叛变革命的事变。共产国际驻中国代表却将这则绝密电送给汪精卫看。此事引起了许多共产党人的无比愤怒。恽代英气愤万状，指责共产国际的这位代表干了一件不可饶恕的蠢事，是一个项伯式的人物。

　　“五大”以后，武汉形势更加恶化。在蒋介石的策动下，国民革命军独立14师师长夏斗寅首先举起叛旗，5月17日，夏斗寅在四川军阀杨森的配合下，突然从宜昌回师，直攻到距武昌城四十里的纸坊。其时，武汉国民政府的主要部队正在河南一带作战，武汉防备空虚，形势十分危急。

　　在这千钧一发时刻，中共中央根据蔡和森等同志的倡议，决定调武昌卫戌司令叶挺的部队担任反击主力。5月18日，恽代英在国民党中央会议上提出把农工及学生2000余人编为义勇队，赴前线参战。最后会议决定由武汉军校整编部队参加战斗。恽代英等立即将武汉军校、中央农民运动讲习所的学员编为中央独立师，恽自任该师的政治领导，侯连瀛任师长，随叶挺部赴前线讨伐夏斗寅。22日经过激战，讨夏军队解放了咸宁，重见天日的咸宁人民举行了5000人的祝捷大会。恽代英在会上热情颂扬了叶挺同志和国民革命军，分析了胜利原因:“我们所以胜利，是因为不怕死，人人都有死的决心，而且我们每次打仗都得工农的帮助……我们自信为保护人民利益而战一定是胜利的。无论那一个再来压迫人民，我们是仍要继续打倒他的。”

　　讨夏之役取得了胜利，挫败了蒋介石扼杀武汉政权的一次阴谋，使革命转危为安，暂时稳住了武汉的局势，但并没有驱散笼罩在武汉上空的层层乌云。恽代英预感到了暴风雨就要来临。他毫无惧色地与瞿秋白、蔡和森、周恩来、毛泽东、董必武等共产党人，高举起革命大旗，迎着风暴前进！